Samsø Marathon var et dansk maratonløb, som blev afviklet fra 2008 til 2021.
Efter udfordringer og aflysninger under coronapandemien i 2020, blev der afviklet et sidste løb i august 2021. Det oprindelige, klassiske Samsø Marathon i denne form afholdes dog ikke længere.
Til Samsø Marathon var der ud over den fulde marathondistance (42,195 km), også mulighed for at løbe halvmarathon, 10 km eller 4,2 km (for børn og motionister). Ruten førte løberne gennem Samsøs smukke og varierede natur, og start- og målområdet var centreret omkring Tranebjerg på Samsø.
Den tidligere hjemmeside var samsømarathon.dk.